Незважаючи на передовий дизайн, Horten Ho 229 ніколи не бачив бойових дій під час Другої світової війни, оскільки до кінця війни були закінчені лише прототипи. Однак літак пройшов випробування та оцінку Люфтваффе, продемонструвавши вражаючі льотно-технічні характеристики, включаючи високу швидкість і маневреність.
У чому причина літака Horten HO 229 ніколи не використовувався німцями під час війни? У них закінчився час, і війна закінчилася. У лютому 1945 року у єдиного прототипу відмовив двигун і під час посадки льотчик-випробувач загинув у катастрофі. Випробувальні польоти не були завершені з незавершеними прототипами.
Вцілілі літаки Єдиний уцілілий планер Ho 229, V3, і єдиний уцілілий прототип німецького реактивного літака часів Другої світової війни, який все ще існує— виставлено в головному залі Центру Стівена Ф. Удвара-Хейзі Смітсонівського національного музею авіації та космосу (NASM) поряд з іншими німецькими літаками часів Другої світової війни.
Згідно з Реймаром і Вальтером, Me 262 мав набагато більше навантаження на крило, ніж H IX і для зльоту потрібна була така довга злітно-посадкова смуга, що її могли вмістити лише кілька аеродромів у Німеччині. Навантаження на крило Ho 229 було значно меншим, що дозволяло виконувати польоти з аеродромів з коротшими злітно-посадковими смугами.
Прототип літака пролежав на зберіганні протягом багатьох років, але зараз був доставлений до Смітсонівського музею Udvar-Hazy, неподалік від аеропорту Даллеса, штат Вірджинія, де його реставрують.