У 1989 році ВПС США зняли з експлуатації SR-71, переважно з політичних причин; кілька з них були ненадовго активовані протягом 1990-х років до їх другого виходу на пенсію в 1998 році. NASA було останнім оператором Blackbird, використовуючи його як дослідницьку платформу; у 1999 році він був знову знятий з експлуатації.
SR-71A (61-7980/NASA 844) прибув до Драйдена 15 лютого 1990 року. Він був поміщений на зберігання до 1992 року і служив дослідницькою платформою до свого останнього польоту в жовтні. 9, 1999.
Ні, SR-71 ще не літають сьогодні. Усі вони або експонуються в музеях, або зберігаються у закладах. Найближчим до наступника є запропонований SR-72, гіперзвуковий безпілотний літальний апарат, який розробляє Lockheed Martin і планує літати в 2025 році.
Керівництво з льотної експлуатації SR-71 Інструкцію розсекретили кілька років тому і тепер доступний для громадськості. Ця інструкція з експлуатації містить 1052 сторінки та включає всі системи, за винятком удосконаленої радіолокаційної системи з синтетичною апертурою.
6 березня 1990 р. Цей Blackbird напрацював близько 2800 годин польоту протягом 24 років служби у ВПС США. В останній рейс, 6 березня 1990 року, підполковник Ед Єйлдінг і лейтенант');})();(функція(){window.jsl.dh('1YW4ZobXOMKGkdUP6ce_iAU__32','
У ньому говорилося, що останки SR-71 №974 були поховані в морі з повними військовими почестями. Подія сталася о 11:57 напередодні Різдва 1989 року. За вказаними координатами він знаходився в декількох сотнях миль від Окінави. Місце останнього спочинку було на глибині 25 597 футів, у районі, відомому як Маріанська западина.