Два поширені методи підготовки бібліотеки підготовка бібліотек на основі лігування та підготовка бібліотек на основі тегментації. Коли ваші бібліотеки будуть підготовлені, ви будете готові до наступного кроку в робочому процесі секвенування наступного покоління.
Короткий огляд бібліотеки ДНК
| застосування | Секвенування повного генома | Секвенування повного генома |
|---|---|---|
| Практичний час | ~45 хв | 1-1,5 год |
| Час виконання | ~1,5 години | ~3-4 години |
| Введення | від 25 нг до 300 нг | від 1 нг до 500 нг |
| Автоматика в наявності | так | так |
Розповсюдження бібліотеки. На лівій і правій панелях розповсюдження бібліотеки починається з 200 bp і продовжується до 800 bp. Середні розміри становлять 429 bp і 458 bp відповідно. Оскільки адаптери вносять ~150 bp в кінцевий розмір бібліотеки, довжина вставки становить 279 bp і 308 bp відповідно.
Стратегії фрагментації ДНК. Першим кроком у підготовці бібліотеки NGS для систем Illumina є фрагментація ДНК до бажаного діапазону розмірів, зазвичай 300–600 bp залежно від застосування. Традиційно для фрагментації ДНК використовуються два методи: механічне розщеплення та ферментативне розщеплення.
Загалом, основними етапами підготовки РНК або ДНК для аналізу NGS є: (i) фрагментація та/або визначення розміру цільових послідовностей до бажаної довжини, (ii) перетворення мішені на дволанцюгову ДНК, (iii) приєднання олігонуклеотидних адаптерів до кінці цільових фрагментів і (iv) кількісне визначення кінцевого продукту бібліотеки для …