Печерна історія обертається навколо Цитата, робот, який прокидається від амнезії та досліджує різноманітні кавернозні області, щоб розкрити свою передісторію та втекти з печери.
Сюжет. Гравець керує Quote, озброєним роботом-розвідником, якого відправили на Острів за десять років до подій гри. Прокинувшись у печері з амнезією, він забирає Полярну зірку у зброяра-відлюдника і потрапляє в село Міміга. Міщани розповідають Цитаті про Доктора, який викрав Мімігу.
В «Алегорії печери» Платона, Сократ наводить метафору про людей, прикутих до ланцюгів і нездатних дивитися за межі тіні, що відкидається на стіну з-за них. Не маючи можливості рухатися, вони вважають тіні реальністю. Це тому, що вони ніколи не відчували нічого поза тінню.
Гравець може прийняти пропозицію Казуми залишити острів і не розмовляти з ним, або відхилити її. Відмовившись від пропозиції, Казума каже Quote, що, можливо, можна повернути Мімігу до здорового стану, знищивши ядро острова.
Хоча Cave Story on the surface — це гра про робота на плавучому острові з амнезією, який знищує лиходія Доктора, рятуючи світ, є глибока, глибинна тема про природу війни та неминучі її жертви.
Як представив Платон, алегорія Сократа про печеру уявляє собою група людей, прикутих разом у підземній печері як в’язні. Позаду ув'язнених є багаття, а між ув'язненими та вогнем рухаються ляльки та реальні предмети на підвищеній доріжці з низькою стіною.