Ходоровський дозволив собі творчу свободу щодо вихідного матеріалу, але Герберт сказав, що між ним і Ходоровським були дружні стосунки. Після двох з половиною років розробки проект остаточно зупинився фінансові причини оскільки 5 мільйонів доларів все ще не вистачало, щоб округлити загальний бюджет у 15 мільйонів доларів.
На роль імператора залучили Сальвадора Далі, а Ходоровський також мав намір вибрати власного сина Бронтіс Ходоровський як Пол, Девід Керрадайн як герцог Лето, Орсон Уеллс як барон і Глорія Свонсон як преподобна мати Бене Ґессерит.
Версія «Дюни», яка потрапила в кінотеатри, була пошарпана комбінація версії Лінча та постановлених студією сцен, які не відображали бажань жодної зі сторін. Це була ситуація, схожа на полеміку навколо Ліги Справедливості 2017 року та суперечливі стилі Джосса Відона та Зака Снайдера.
Через заплутаний сценарій Лінча «Дюна» 1984 року стала менш вірним відображенням роману Герберта, а більше відображенням викривленого бачення майбутнього Лінчем. Хоча такий підхід міг би створити захоплюючий фільм поза всесвітом «Дюни», урізаний фільм не в змозі передати суть роману Герберта.
Ходоровський також хотів Глорія Свонсон, Мік Джаггер, Удо Кір, Девід Керрадайн, Орсон Уеллс і більше зірок. Ходоровскі призначив свого 12-річного сина на роль Пола Атрейдеса, роль у цій версії виконав Тімоті Шаламе. Судячи з його сценарію, фільм тривав би 14 годин.
Далі погодився за умови, що пластиковий двійник буде передано його музею, а його трон мав бути унітазом із двох перехрещених дельфінів. Ходоровського відмова піти на компроміс щодо тривалості роботи Dune була однією з основних причин, чому фільм не було знято.