Основна відмінність між siRNA і miRNA полягає в тому, що перші пригнічують експресію однієї специфічної цільової мРНК, а другі регулюють експресію кількох мРНК. Зараз значна кількість літератури класифікує мікроРНК як молекули РНКі.
Як siRNA, так і miRNA генеруються Dicer (DCR), багатодоменним ферментом родини РНКази III. DCR розрізає довгу дволанцюгову РНК (dsRNA) на siRNA і подрібнює короткі мікроРНК-попередники з недосконалою структурою стовбурової петлі на мікроРНК. Зароджувані siRNA і miRNA є дволанцюговими дуплексами.
У чому різниця між комплексами siRISC і miRISC? Дуплекс мікроРНК розкручується, звільняючи та відкидаючи пасажирський ланцюг (смисловий ланцюг) — на відміну від процесингу siRNA, у якому AGO2 RISC викликає розщеплення пасажирського ланцюга siRNA.
Як одноланцюгова мікроРНК, так і дволанцюгова мікроРНК використовувати комплекс РНК-індукованого глушіння (RISC) для регулювання цільових послідовностей мРНК (3). мікроРНК конкурентно інгібує шляхом зв’язування комплементарної послідовності в 3'-верхньому елементі їх цільової інформаційної РНК (мРНК) (4).
Малі інтерферуючі РНК (siRNA) — це штучно синтезовані дволанцюгові молекули РНК довжиною 19–23 нуклеотиди. Вони регулярно використовуються в молекулярній біології для тимчасове мовчання цікавого гена. Вони викликають відповідь RNAi після зв’язування зі своїм цільовим транскриптом на основі комплементарності послідовності.
Основна відмінність між siRNA і miRNA полягає в тому, що перші є високоспецифічними лише з однією мРНК-мішенню, тоді як другі мають кілька мішеней. Таким чином, терапевтичні підходи siRNA і miRNA дуже різні.